分离细菌的方法很多，常用的有以下几种。

　　将被检材料接种于适宜培养基，再于固体培养基表面生长的菌落中，选样欲分离菌的单个菌落，移种于另一适宜培养基中培养。因为一个菌落通常由一个细菌生长繁殖所形成，故培养出的细菌是单一的种类，即纯培养。

　　用特殊的培养环境(如厌氧、二氧化碳环境等)分离细菌。

　　将被检材料接种子易感动物体内，使病原菌在动物体内繁殖，然后从动物体内取材料利用离心机进行离心分离出需要的成分后培养。利用某些细菌对一些理化因素有特殊抵抗力，用理化方法处理接种材料，杀死其他微生物而保存需要的细菌，再分离培养。

　　一般情况下，被检材料用前两种方法分离培养即可。如披捡材料污染严重，可先用后两种方法处理，再用前两种方法获得纯培养。

　　在分离培养操作中，严格遵守无菌操作。所有用具、培养基、试剂都要经过灭菌，而且不能长时间暴露于空气中。禁止用手接触或用口吹已灭菌的器皿内部。

　　根据被检材料中可能存在的病原苗的特性，选择适当的培养基和培养条件：(温度、气体环境等)。进行未知菌的初次分离，多用几种培养基，如肉汤、鲜血琼脂、麦康克琼脂等，每种培养基接种数管，分别放在普通环境和厌氧环境中培养。一般经过24—78小时观察结果，但也有一些病原菌，需要培养校长时间才能生长。　　

　　被检材料一般不需要处理，直接按种于培养基上。当怀疑为有芽脑的病原苗时，可将被检材料加生理盐水磨碎，作成1：10乳剂(液体材料不必稀释)，置60-80℃水浴中20—30分钟，以杀死无芽胞的杂菌，然后再接种于培养基中。