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对长距离销售，植物需有非常好的品质，有无害虫的根系统。植物应在运输前一天浇水，冷藏室的相对湿度保持高于90％以防植物退化。

盆栽植物在可控环境内运输，应保持温度稳定，空气循环及通风。将其包装在箱中，并放入敞口卡车上运输，这种方法也常用于运输较大的盆栽植物。一些植物对物理损伤抗性较大，可采用水平放置运输或装入条板箱中运输。一个相对新的方法是裸根运输，由于去除运输介质及容器，运输费用大大减少，可减少超过50％的运输空间及重量。这种运输法也用于水培法生产的植物，以符合一些国家制定的卫生要求，防止土传病原体的传播。

*运输前，用乙烯活性抑制剂（STS）处理植物，可减少乙烯的危害。对一些植物，用NAA处理，还可减少各种植物器官的脱落，起到了NAA与STS协同效果。*开放的花比花苞期的花对乙烯更敏感，因而，观花的盆栽植物在花苞期运输是非常重要的。

在市场上，盆栽植物俏销，经常远离产地销售，因而需运输。对一些观花的盆栽植物，贮藏可延迟开花，以满足特殊的节日需要（如百合）。