食品果蔬臭氧发生器在食品工业中的应用主要有三个方面：一是杀灭微生物、消毒灭菌；二是分解有机、无机污染物—除臭；三是分解蔬菜水果代谢产物，延长成熟过程—保鲜。
食品果蔬臭氧发生器产生臭氧为气体消毒剂，其杀菌过程为强氧化作用使微生物细胞中的多种成分产生反应，从而产生不可逆转的变化而死亡。一般认为，臭氧灭活病毒是通过直接破坏其核糖核酸（RNA）或脱氧核糖核酸（DNA）物质完成的。而杀灭细菌、霉菌类微生物则是臭氧首先作用于细胞膜，使膜构成成分受损伤，导致新陈代谢障碍并抑制其生长，臭氧继续渗透破坏膜内组织，直至杀死。湿度增加提高杀灭率，是由于高湿度下细胞膜膨胀变薄，其组织容易被臭氧破坏。
除臭净化
臭氧去除异味性能*，依靠其强氧化性能可快速分解产生臭味及其它气味的有机或无机物质。臭味的主要成分是胺R3N、硫化氢H2S、甲硫醇CH3SH等。臭氧对其氧化分解，生成物没有气味。
保鲜
臭氧在蔬菜水果贮藏中的应用除了具有杀灭或抑制霉菌生长防止腐烂作用之外，还具有防止老化保鲜作用。其机理是臭氧可以分解果蔬生理代谢作用呼吸出的催熟剂—乙烯气体。
基于上述优点，臭氧被广泛用于食品加工车间、肉食、鱼类仓库的空气消毒除臭；水果、蔬菜的仓库的防腐保鲜等。
另外在制糖工业中的脱色纯化、食油的精制与除味、酿酒工业中酵母的防腐以及食品饮料包装容器
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