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反相键合薄层层析版适合分析绝大多数的化合物,但是仍有一些化合物并不合适。对于极性或极大的化合物,通常用反相板来分离。同时反相板分离的条件还可以和HPLC关联起来,使其成为和HPLC相匹配的分离手段。RP-2、RP-8、RP-18都键合在Si 60上,不同长度的碳链决定了其所有溶剂系统中水相比例的高低及其保留性能。随着碳链的增长,保留时间也逐渐增加。