IC反应器的构造特点是具有很大的高径比，一般可达4～8，反应器的高度可达16～25m。所以在外形上看，IC反应器实际上是个厌氧生化反应塔。

进水通过泵由反应器底部进入一反应室，与该室内的厌氧颗粒污泥均匀混合。废水中所含的大部分有机物在这里被转化成沼气，所产生的沼气被一反应室的集气罩收集，沼气将沿着提升管上升。沼气上升的同时，把一反应室的混合液提升至设在反应器顶部的气液分离器，被分离出的沼气由气液分离器顶部的沼气排出管排走。分离出的泥水混合液将沿着回流管回到一反应室的底部，并与底部的颗粒污泥和进水充分混合，实现一反应室混合液的内部循环。

内循环的结果是，一反应室不仅很高的生物量、很长的污泥龄，并具有很大的升流速度，使该室内的颗粒污泥达到流化状态，有很高的传质速率，使生化反应速率提高，从而大大提高一反应室的去除有机物能力。经过一反应室处理过的废水，会自动地进入二反应室继续处理。废水中的剩余有机物可被二反应室内的厌氧颗粒污泥进一步降解，使废水得到好的净化，提高出水水质。产生的沼气由二反应室的集气罩收集，通过集气管进入气液分离器。二反应室的泥水混合液进入沉淀区进行固液分离，处理过的上清液由出水管排走，沉淀下来的污泥可自动返回二反应室。这样，废水就完成了在IC反应器内处理的全过程。