紫外线是一种肉眼看不见的光波，存在于光谱紫射线端的外侧，故称紫外线。紫外线系来自太阳辐射电磁波之一，一般依照波长把紫外线分为四类 。它是物质运转的一种特别方式，是一粒粒不连接的粒子流。每一粒波长253.7nm的紫外线光子具有4.9eV的能量。当紫外线照耀到微生物时，便发作能量的传递和堆集，堆集成果形成微生物的灭活，然后到达消毒的意图。当细菌、病毒吸收超越3600~65000uW/c㎡剂量时，对细菌、病毒的去氧核醣核酸（DNA）及核醣核酸（RNA）具有强壮破坏力，能使细菌、病毒损失生存力及繁殖力进而消除细菌、病毒，到达消毒灭菌成效。紫外线一方面可使核酸骤变、阻止其仿制、转录封闭及蛋白质的组成；另一方面，发生自由基可惹起光电离，然后招致细胞的。

紫外线消毒器灭菌原理是运用紫外线灯管辐照强度，即紫外线灭菌灯所宣布之辐照强度，与被照消毒物的间隔成反比。当辐照强度一守时，被照消毒物停留工夫愈久，离灭菌灯管愈近，其灭菌作用愈好，反之愈差。