熔融结晶器的结构相对精馏塔来说，略复杂。需要发汗、洗涤等步骤。过程较复杂，过程的连续化较困难。 熔融结晶处理的是液态物质，液态相对于气态而言，所需要的体积小，所用设备体积小，投资少。当然，如果熔融结晶需要长的停留时间时，则这点优势就不明显了。 熔融结晶过程没有气体产生，泄露易于控制。而且整个设备可密闭，有利于环境安全。 熔融结晶不需要添加任何物质，所以没有废液和其它化学物质（溶剂）产生。要知道，溶剂回收的成本往往占整个结晶成本的大部分。 对于非固体溶液型体系，从理论上来说，结晶过程具有高的选择性和高的产品纯度。
