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水平基因转移又称侧向基因转移，是指在差异生物个体之间，或单个细胞内部细胞器之间所进行的遗传物质的交流。差异生物个体可以是同种但含有不同的遗传信息的生物个体，也可以是远缘的，甚至没有亲缘关系的生物个体。单个细胞内部细胞器主要指的是叶绿体、线粒体及细胞核。

水平基因转移是相对于垂直基因转移（亲代传递给子代）而提出的，它打破了亲缘关系的界限，使基因流动的可能变得更为复杂。 大多数生物是从双亲处获得基因，细菌可以说是适应性强的生物之一，它们擅长于相互之间的基因交流——不断选择保留有用的遗传信息而抛弃无用的，以适应周围环境的变化。DNA片断能够在细菌细胞之间跳跃转移也被称为基因横向转移，这是耐药性在致病细菌之间迅速蔓延的罪魁祸首。

有的研究认为，在基因横向转移的过程中，基因的功能并不重要，重要的是其表达的蛋白质与其他蛋白质的相互作用关系。为了了解基因的功能和其与蛋白质间的作用关系哪个因素更重要，研究人员调查了30多种细菌的基因转移证据。当他们比较与蛋白间关系相近的基因时发现，基因功能的影响并不重要。一些蛋白质不易获取是因为需要与其他蛋白质协调配合，一种需要众多合作伙伴的蛋白质，很难在新宿主中生存。