食品微波杀菌设备主要采用的是微波加热杀菌技术，通过对食品生物效应和热效应的共同作用。由于频率、微波场强度、作用时间、微生物的种类、培养基组成等因素的不同，其杀菌的效果亦有差别，甚至出现相反的结果。同传统的杀菌设备（杀菌锅、巴氏杀菌、臭氧杀菌等）相对比：在一定的温度下，微波杀菌的微生物致死时间比传统杀菌设备较短，在一定的热处理时间内，微波杀菌法比传统杀菌法的杀菌温度较低，低温杀菌同样达到理想的效果。

　　食品微波杀菌设备的微波杀菌技术因其比常规的杀菌方法能更多的保留活性物质的特点而被应用于人参、香菇、猴头菌、天麻以及其他中药、中成药的干燥和杀菌等方面。不仅可以用于固体物质的消毒，也可对于液体物质进行消毒、杀菌。食品微波杀菌设备应用于粉状食品、糊类产品、调味品、藕粉、黑芝麻糊、盒饭、香精、香料、肉及肉制品、禽制品、水产品、水果和蔬菜、奶及奶制品、农作物等产品的杀菌、灭酶和消毒等领域。

　　食品微波杀菌设备由于含有水分的物质容易吸收微波而发热，因此除少量的传输损耗外，几乎无其它损耗，故热效率高、节能。加热均匀。无论物体各部位形状如何，设备均可使物体表里同时均匀渗透电磁波而产生热能。所以加热均匀性好，不会出现外焦内生现象。设备具有热力和生物效应，能在较低温度下灭菌和防霉。

　　设备由于微波能是控制在金属制成的加热室内和波导管中工作，所以微波泄漏极少，没有放射线危害及有害气体排放，不产生余热和粉尘污染；既不污染食物，也不污染环境。从经济效益来分析，微波干燥也常较传统方法为优，如与远红外干燥相比，通常节能1/3以上。设备由于加热速度快、时间短，能较大限度地保存物料的活性和食品中的维生素、原有的色泽和营养成份。设备只需有水、电的基本条件，只要控制微波功率即可实现立即加热或终止，应用食品微波杀菌设备可进行加热过程和加热工艺规范的自动化控制。